Als Rohstoffe für die NawaRo-Anlage werden hauptsächlich energetisch ergiebige Pflanzen wie Mais, Gras und Sonnenblumen angebaut. Versuchsweise wird auch mit Kartoffeln- und Rübensorten gearbeitet.
Die Fruchtfolge hängt von verschiedenen Faktoren ab und berücksichtigt ebenso eine energetisch sinnvolle Nutzung von Sonnenstunden wie die Erhaltung der Biodiversität. Auch die Sorte der Pflanzenarten wird aufgrund ihrer spezifischen Eigenschaften gewählt. Bevorzugt werden zum Beispiel Maissorten, mit denen sich vergleichsweise viel Energie pro Hektar produzieren lässt.

Die Produktionsmenge einer Biogasanlage hängt wesentlich von dem vergärenden Substrat ab. Bei Anlagen, in denen ausschließlich Nachwachsende Rohstoffe verwendet werden, ist dieser Zusammenhang unmittelbar erkennbar, denn der Methangehalt des Endprodukts erhöht bzw. verringert sich je nach eingesetzter Pflanzenart. Besonders günstige Eigenschaften aus Sicht der Energielandwirte weist Mais als Energiespeicher auf. Mais zählt zu den C4-Pflanzen. Diese Pflanzen nutzen besser als ihre Verwandten, die C3-Pflanzen, Lichteinstrahlung und zur Verfügung stehendes Wasser und legen dadurch mehr Pflanzensubstanz, d.h. Biomasse an.