Das Herzstück einer Biogasanlage sind die Fermenter und der Nachgärbehälter. In ihnen läuft der biochemische Prozess von der Hydrolyse bis zur Methanbildung ab.

Die bei der Gewinnung von Biogas stattfindenden Prozesse können modellhaft in vier Phasen gegliedert werden. Tatsächlich lässt sich unter Produktionsbedingungen die Aktivität der spezifischen Mikroorganismen in den verschiedenen Stadien der Umwandlung nicht vollständig auf eine Phase begrenzen. Da die Bakterien teils in symbiotischer Beziehung leben, überlappen die Phasen einander. Unter optimalen Bedingungen in einer ausbalancierten Produktionsumgebung laufen die Phasen jedoch primär in den für sie vorgesehenen Behältern ab.